明治维新后的日本社会推崇商业。新政府认为，藩营事业会挤压民间企业的生存空间，决定废止藩营事业。在这样的历史契机下，1871年，弥太郎完全接管了政府经营的“大贩商会”，以“九十九商会”作为自己的商号，将商会里的船买下，开始经营大阪-东京、神户-高知的海上运输业。这些船上的标志，就是今天的三菱标志。1873年，弥太郎将商会改名为“三菱商会”。自此，他彻底脱下官服，本着“以在野之心”的诚信精神，专心从事海运事业。
 

　　成立之初的三菱商会规模不大，不及三井商会，但凭借着良好的信誉，弥太郎给自己的事业奠定了一定的基础。1873年，庇护三井商会的政治势力失势，三菱商会等到了翻盘的机会。1874年，日本出兵侵略台湾岛，弥太郎借机向内阁大臣请示承揽一切军需输送工作。为保障运输，日本政府用771万日元买下13艘汽船借给三菱商会，同时，将其竞争对手的18艘商船也无条件的借给三菱商会。此外，每年还给予三菱25万元的补助金。
 

　　1877年日本国内西南战争爆发，国务卿大久保利通决定，以15年分期贷款偿还的方式，借给弥太郎345万日元资金，购买10艘船，让三菱商社全面协助军事运输。战争结束后，这些船被政府悉数送给了三菱公司。在西南战争的8个月时间里，日本政府用在船运上的费用高达1300万日元，相当于战争总费用的三分之一，其中大部分被三菱公司收入囊中。当时，三菱拥有的汽船达到61艘，吨位高达35464吨，占日本全国汽船总吨数的73%，三菱公司一跃成为海上霸王。
 

　　不过，为了遏制三菱集团的过分膨胀，明治政府严禁三菱发展海运以外的事业。但这不妨碍弥太郎的野心扩张，他以汽船为中心，将事业范围扩大到汇兑业、海上保险业、仓储业等。在三菱公司进行押汇的货物都由三菱的船只来运送，由三菱负责保险，收在三菱仓库之中，借此，三菱的汇兑、保险、运输、仓储等方面的利润成倍增长。
 

　　家族地位之战19世纪80年代的日本政局动荡不已，这直接波及了三菱集团的命运。1881年，三菱集团的支持者，也是当权者大隈重信被反对派排挤，被迫下台，另一位弥太郎的支持者大久保利通也被杀。这意味着，明治政府内部已经无人能关照弥太郎的三菱。
 

　　于是，三菱集团的形势急转直下，名誉扫地，在野的朝臣斥三菱集团是一夜暴富的国贼。同时，与三井集团息息相关的井上、同县、伊藤等政治人物开始掌权。对弥太郎而言，捍卫家族地位的战争开始了。
 

　　为了遏制三菱集团联合下台的官员纠集起来颠覆政权，1882年，明治当局计划成立一家击垮三菱公司的大海运公司。于是，由井上家族赞助，政府官员负责出面组织，一家规模空前的大公司——共同运输公司就此诞生。在陆续吞并了几家规模不大的帆船会社之后，共同运输公司向英国订购了最新式的船只，所开设的航线与三菱公司完全一致。彼时的《东京日报》对此有这样一段描述：“两家公司一起由神户出航之后，为了抢先到达目的地，船员与船长都绑上头巾，不计成本，拼命将煤炭铲入火炉中，双方都不肯认输，在海上进行马拉松赛跑。到达纪州藩时，火炉内的火力强到烟囱烧得赤红，船员却不因烟囱可取代火炉的暖气而高兴，因为，当时船内已达灼热难耐之温，由陆地遥遥望去，好像看到两只火龙在竞速一般，情况十分可怕。”
 

　　为了客源，竞争可谓惨烈异常，两家公司都不惜把船费降到不能再降的地步。在这种情况下，弥太郎将公司重组，裁撤冗员，削减开支以应对危机。这招着实有效。1884年，三菱公司每吨汽船的平均收入为100日元，而共同公司只有50元。虽说取得了表面上的胜利，但竞争让三菱集团元气大伤，不仅停运了香港至琉球的航线，所有的三菱兑换所也被迫停业。好在，共同公司也是损兵折将，其股票在1884年陷入毫无红利的境地，持股人竞相抛售。弥太郎抓住机会，秘密收购了这些股票，不久便控制了其过半的股权。当时的日本经济十分颓废，因此，为了提振经济，由政府出面斡旋，1885年2月5日，两家公司在运费、出发时刻、承包人、船员雇用等方面达成了临时协定。
 

　　但是，因为饮酒过量，积劳成疾，岩崎弥太郎在签订协定的两天后撒手人寰。他的弟弟岩崎弥之助登上了三菱集团的权力顶峰。